Trong nước

Trong những năm gần đây, Bayern München có một sự cạnh tranh quyết liệt với Borussia Dortmund. Bayern và Dortmund đã gặp nhau nhiều lần tại giải Bundesliga. Còn tại đấu cúp, đã đối đầu nhau trong trận chung kết DFB-Pokal vào các năm 2008, 2012, và 2014. Việc để thua 2-5 trước Dortmund tại trận chung kết Cúp quốc gia vào năm 2012, đó là trận thua tồi tệ nhất của Bayern trong các trận chung kết. Bayern và Dortmund cũng đã gặp nhau trong DFL-siêu cúp trong năm 1989, 2008, 2012, 2013 và 2014. Đỉnh cao trong các trận đối đầu là khi Bayern đánh bại Dortmund 2-1 trong trận Chung kết UEFA Champions League 2013.

Bayern là một trong ba câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp ở München. Đối thủ địa phương của Bayern là TSV 1860 München, một câu lạc bộ thành công hơn trong những năm 1960. Mặc dù có sự cạnh tranh, Bayern đã nhiều lần hỗ trợ TSV 1860 München 1860 trong thời gian hỗn loạn tài chính.

Kể từ những năm 1920, FC Nürnberg đã được xem là đối thủ chính chính và truyền thống của Bayern ở Bavaria. Philipp Lahm nói rằng đá với Nürnberg là một trận cầu "đặc biệt" và với một "bầu không khí nóng bỏng". Cả hai câu lạc bộ chơi trong cùng một giải đấu vào giữa những năm 1920, nhưng trong những năm 1920 và 1930, Nürnberg đã thành công hơn, họ đã vô địch giải năm 1920, trở thành câu lạc bộ có số lần vô địch kỷ lục của Đức lúc ấy. Vài năm sau Bayern đã giành chức vô địch thứ mười của họ trong năm 1987, qua đó vượt qua số lần vô địch của Nürnberg. Các trận đấu giữa Bayern và Nürnberg thường được gọi là Derby Bavarian. Bayern cũng có một sự cạnh tranh mạnh mẽ với Kaiserslautern, bắt nguồn vào năm năm 1973, khi Bayern đã thua 7-4 sau khi đã dẫn 4-1.

Từ những năm 1970, các đối thủ chính của Bayern đã nổi lên tại Bundesliga. Năm 1970 này là Borussia Mönchengladbach, trong những năm 1980 là Hamburger SV và năm 1990 Borussia Dortmund, Werder Bremen và Bayer Leverkusen nổi lên như một đối thủ cạnh tranh nhất. Trong những mùa giải gần đây Borussia Dortmund, Schalke 04, và Werder Bremen là những đối thủ chính của Bayern tại Bundesliga.

Khắc tinh của Bayern trong quá khứ là 1. FC Kaiserslautern, đang nắm giữ chuỗi trận thắng trước Bayern hơn 12 năm giai đoạn 1970-1980 và sau này có Borussia Mönchengladbach

Châu Âu

Tại châu Âu, đối thủ của Bayern là Real Madrid, Milan và Manchester United. Cặp đấu giữa Bayern và Real là cặp đấu kinh điển nhất trong các giải châu Âu hiện hành, mặc dù đã gặp nhau nhiều lần nhưng 2 đội chưa bao giờ đụng nhau ở các trận chung kết.

Trận thắng đậm nhất nhất của Bayern München trên sân của Real Madrid là tại vòng bảng thứ 2 Champions League, khi ấy Bayern đối đầu với Real Madrid vào ngày 29 tháng 2 năm 2000 và kết quả là Bayern thắng 4-2. Sau đó hai đội lại gặp nhau ở bán kết năm đó, dù thắng 2-1 ở lượt về nhưng với trận thua 0-2 ở lượt đi, Bayern đành ngậm ngùi nhìn Real Madrid giành quyền vào chơi trận chung kết và giành chức vô địch. Một năm sau, Bayern München và Real Madrid gặp nhau 1 lần nữa ở bán kết Champions League năm 2001, và Bayern đã phục thù thành công khi thắng Real cả hai lượt với tổng tỷ số 3-1. Các cổ động viên của Bayern thường được Real gọi là "Bestia negra"("Black Beast").

Năm 2007, hai đội cũng gặp nhau ở vòng 1/16 cúp châu Âu, sau hai lượt đi và về, cả hai đội hòa nhau với tổng tỉ số 4-4, nhưng Bayern đi tiếp nhờ luật bàn thắng trên sân khách. Ngoài ra hai đội cũng đã gặp nhau tại bán kết Champions League 2011-12, kết quả là hòa 3-3 sau 2 lượt, trải qua 2 hiệp phụ và loạt sút luân lưu, Bayern đã giành chiến thắng 3-1 để vào trận chung kết. Sau đó, họ lại gặp nhau tại bán kết Champions League 2013-14, ở lượt đi, Real đã giành được thắng lợi bằng pha lập công duy nhất của tiền đạo Karim Benzema, và trận lượt về với 2 cú đúp của Sergio Ramos và Cristiano Ronaldo, Real đã đánh bại Bayern với tỷ số 4-0 ngay tại München, đó cũng là trận thua đậm nhất của Bayern trước Real trên sân Allianz